החל משנה"ל תשפ"א - המגמות קלינית מבוגר, קלינית ילד וקלינית-שיקומית אוחדו לכדי מגמה אחת בשם "המגמה הקלינית". במסגרת הלימודים במגמה הקלינית ניתן יהיה להתמקד בתחומי הכשרה הנוגעים לפסיכולוגיה קלינית של המבוגר, פסיכולוגיה הקלינית של הילד, ופסיכולוגיה קלינית-שיקומית. מיקוד זה יאפשר לתלמידים להתקבל להתמחות קלינית או שיקומית.
באופן מסורתי הפרקטיקום בשנה א' מתבצע בתוך הקליניקה בבר אילן, ורק בשנה ב' יוצאים לפרקטיקום מחוץ לכותלי האוניברסיטה. להבנתנו- הבחירה תתבצע לקראת שנה ב' ועד אז הלימודים יהיו פחות מובחנים.
מלבד הפרקטיקום, הלימודים במגמה המאוחדת יהיו משותפים כך שכולם יקחו את אותם הקורסים, ולאחר חלוקה למיקודים השונים- ההתמחויות השונות הנדרשות יקבלו מענה גם בקורסי בחירה שונים (ילד, מבוגר, שיקומית).
במסגרת המגמה המאוחדת יתקבלו כ-42 סטודנטים.
המסלול מושתת על מודל הכשרה המכוון לאינטגרציה בין הפן הקליני-יישומי לפן המחקרי. עם זאת, יש דגש על תחום המחקר מתוך אמונה כי הוא מהווה חלק משמעותי בהתפתחות המטפל. קיימת בבר אילן האפשרות להתנסות בעבודה מעשית (פרקטיקום) בקליניקה טיפולית הנמצאת בין כתלי המחלקה, שהיא ייחודית לבר אילן. המסלול מדגיש לימודים באווירה של יחס אישי.
במהלך הלימודים ניתן דגש נרחב להתנסות בדיאגנוסטיקה ובפרקטיקום המעשי- ושניהם בולטים בגישתם הדינמית. עם זאת, יתר הקורסים הם באורינטציה מבוססת אמפירית וקיימת תנועה איטית אך יציבה מהגישה הדינאמית אל עבר הטיפולים המבוססים אמפירית, קרי טיפולים התנהגותיים קוגניטיבים. בינתיים, למרות החשיפה לסוגי טיפול שונים, הדגש במגמה ברובו עדיין דינמי.
ימי הלימוד והפרקטיקום בשתי שנות הלימוד לתואר מתפרשים על פני ארבעה ימים בשבוע. הלימודים אינם מתקיימים ביום א' (למעט הלומדים במסלולים הישירים לדוקטורט אשר לומדים גם בימי א'). בשנה הראשונה יש התנסות מעשית בקליניקה של בר אילן, שבה מתנסים חלק מהסטודנטים בטיפול במבוגרים וחלק בטיפול בילדים. בשנה השנייה ההתנסות היא גם עם מטופל אחד מתוך הקליניקה בבר אילן וגם יומיים בשבוע מחוץ לאוניברסיטה ונעשית באחד מחמשת המקומות הבאים:
א. המחלקה הפסיכיאטרית לילדים ונוער בתל-השומר
ב. המרפאה הפסיכיאטרית לילדים ונוער בגהה
ג. המחלקה לגיל הרך בגהה
ד. התחנה לבריאות הנפש ברחוב הארבעה בתל אביב
ה. התחנה לבריאות הנפש ביפו
סטודנטים מדווחים כי אין הרבה גמישות בבחירת מקומות הפרקטיקום וכי הסטודנטים נדרשים להסתדר בעיקר בינם לבין עצמם.
בבר אילן, בשנת הלימודים תש"ף בוטלה הקבלה לתואר שני ישיר לדוקטורט במגמות הקליניות טרם תחילת הלימודים. יש אפשרות לעבור למסלול ישיר לדוקטורט תוך כדי הלימודים, בהתאם למעבדה בה מתבצעת עבודת התזה. מסלול זה כולל לימודים בחינם לאורך כל ארבע שנות המסלול, ומלגת מחייה בסך 160,000 שקל. קיימת מגבלה מסויימת על עבודה מחוץ ללימודים עצמם, אך באישור מתאים ניתן לעסוק גם בעבודה נוספת. כמו כן, קיים מסלול נוסף, "המסלול המשולב" המאפשר מעבר לדוקטורט בלא תזה. חשוב לציין שמסלול זה הוא ללא מלגה אוטומטית ויש להגיש מועמדות למלגה.בנוסף, יש אפשרות להגיש בקשה למלגות אחרות הניתנות על ידי האוניברסיטה, ונראה כי רבים מבין המבקשים מקבלים את המילגה. כמו כן, על פי המרצים במגמה, סטודנטים אשר מגישים את התזה עם סיום הלימודים זכאים להחזר מלא של שכר הלימוד.
מחזור 2020-2019 (תש"ף): 14 סטודנטים
מחזור 2016 - 2017 (תשע"ז): 14 סטודנטים
מחזור 2015 - 2016 (תשע"ו): 14 סטודנטים
מחזור 2012 - 2013 (תשע"ג): 14 סטודנטים
מחזור 2011 - 2012 (תשע"ב): 14 סטודנטים
מחזור 2009 - 2010 (תש"ע): 15 סטודנטים
מחזור 2008 - 2009: (תשס"ט): 15 סטודנטים
ציון מתא"ם - 115
ציון התואר הראשון בפסיכולוגיה - 90
ציון בחוג השני - 80
*במסגרת תכנית קבלה נפרדת למגזר החרדי, החל בשנת תשע"ד מציעה המגמה עד שני מקומות לסטודנטים חרדים (ניתן להגיש עם כל ציון מתא"ם, אך אם ציון המתא"ם נמוך מהנדרש, יש להגיש בקשה דרך ועדת חריגים). תכניות דומות מתקיימות במגמות קלינית שיקומית וקלינית מבוגר.
החל משנת תשע"ב הוחלט להעלות את ציון הסף במתא"ם ל-110 נובעת מכך שלפני כן, בפועל כמעט ולא התקבלו תלמידים עם ציון נמוך מכך. מדיווחי מועמדים עולה כי בעבר ניתן היה לפנות אישית לראש המגמה במייל במקרה של ציון מתא"ם גבולי (קרוב מאד ל-110), בעיקר במקרים מיוחדים.
שנת תשפ"ב: חתך מתא"ם - 106.
שנת תשפ"א: חתך מתא"ם - 104, ממוצע ציוני מתא"ם - 122, ממוצע תואר ראשון - 93.
שנת תש"ף: חתך מתא"ם (ציון הכי נמוך) - 111, ממוצע ציוני מתא"ם - 122, ממוצע תואר ראשון - 92.
שנת תשע"ח: חתך מתא"ם - 113, חתך תואר ראשון 92.
שנת תשע"ז: חתך מתא"ם - 114, חתך תואר ראשון - 91
שנת תשע"ו: חתך מתא"ם - 114, ממוצע ציוני מתא"ם - 125, ממוצע תואר ראשון - 93.
לגבי הליך הקבלה: לאחר מיון ראשוני על סמך קורות החיים והציונים מוזמנים חלק מהמועמדים לדינמיקה קבוצתית. מי שעובר את השלב הראשון מזומן לראיון אישי. בסוף סבב הראיונות השני כל סגל המגמה נפגש, דן ומחליט מי מתקבל, מי ברשימת ההמתנה ומי נדחה.
החל משנת תשע"ב, נכלל ברשימת הטפסים אותם על המועמדים להגיש גם טופס ניסיון מחקרי, שחלקו האחרון הינו אופציונאלי, ובו על המועמד לפרט הצהרת כוונות מחקרית בה מתואר רעיון אפשרי שלו לעבודת גמר (באנגלית, עד 500 מילים).
על פי פירסומים רשמיים של האוניברסיטה, לשנת תשס"ט ותש"ע, נתוני הקבלה בפועל למגמות הקליניות היו ממוצע מתא"ם - 122.5 וממוצע ציוני תואר - 94.2. בניגוד למוסדות אחרים, ניתן משקל להבדל בין ציוני התואר הראשון בפסיכולוגיה מעבר לסף 90.
* בכל מגמה יש סטודנט אחד שהתקבל למסלול הישיר לדוקטורט. אין מיונים נפרדים למסלול, יש לסמן בשלב הדירוג את המסלול הישיר.
במגמה תקן לסטונט חרדי, שעובר הליך מיון במסלול נפרד.
