החל משנה"ל תשפ"ז - הרישום למגמה הקלינית ולמגמה השיקומית יתבצע בנפרד. במסגרת הלימודים במגמה הקלינית ניתן יהיה להתמקד בתחומי הכשרה הנוגעים לפסיכולוגיה קלינית של המבוגר ופסיכולוגיה קלינית של הילד. מיקוד זה יאפשר לתלמידים להתקבל להתמחות קלינית לאחר הלימודים.
באופן מסורתי הפרקטיקום בשנה א' מתבצע בתוך הקליניקה בבר אילן, הפרקטיקום בשנה ב׳ הוא פרקטיקום משולב בין פנים לחוץ. כלומר, בנוסף לפרקטיקום חוץ ממשיכים גם בפרקטיקום פנימי בקליניקה של האוניברסיטה.
הלימודים במגמה המאוחדת יהיו משותפים כך שמרבית הקורסים יילמדו במשותף עם המגמה השיקומית, למעט קורסי הבחירה המומלצים והפרקטיקום.
המסלול מושתת על מודל הכשרה המכוון לאינטגרציה בין הפן הקליני-יישומי לפן המחקרי. בשנה הראשונה, הלימודים מתפרסים על פני ארבעה-חמישה ימים בשבוע, המשלבים לימודים תיאורטיים, התנסויות קליניות ועבודה על התזה. הלימודים כוללים קורסים עיוניים בנושאים שונים של פסיכותרפיה, פסיכודיאגנוסטיקה ופסיכופתולוגיה. אין כל פיצול בין המגמות בקורסים האלו בשנה א׳. בסמסטר א׳ לומדים אבחון ילד ובסמסטר ב׳ אבחון מבוגר. הפרקטיקום מתקיים במסגרת הקליניקה הטיפולית בתוך כתלי המחלקה, ולכל סטודנט ע"פ רוב שני מטופלים.ישנה הדרכה בפסיכותרפיה דינמית פעם בשבוע- פגישה קבוצתית של 4 שעות, וכן הדרכה אישית (אחת לשבועיים) עם מנחה/מנחת הפרקטיקום. בנוסף, נדרש כל סטודנט להעביר אבחון חלקי לשני מאובחנים (בריאים) ולכתוב על כך דו"ח. כן נדרשת כתיבת סיכומי טיפולים לכל אחד מהמטופלים.
בשנה השניה, ישנם שני ימי לימוד עיוני באוניברסיטה. בנוסף ישנם 2 ימי פרקטיקום (משתנה לפי מקום הפרקטיקום)- יום אחד בקליניקה הטיפולית בבר-אילן, ויום מחוץ לבר אילן. הפרקטיקום בשדה מתקיים בבי"ח גהה, התחנה לבריאות הנפש בפתח תקווה, בי"ח שלוותה, מחלקת נשים בבי"ח יעקב, בי"ח שניידר או בתי חולים אחרים, במחלקות אשפוזיות, מחלקות יום, או במרפאות שבמסגרת בית החולים. ניתנת אפשרות לסטודנטים המתגוררים רחוק לתאם פרקטיקום סמוך למקום מגוריהם. במסגרת הפרקטיקום שמתקיים בקליניקה הטיפולית שבבר-אילן ניתן לבחור בין מסלולים שונים- טיפול בגישה דינמית, טיפול קצר מועד, טיפול קוגניטיבי התנהגותי, ולעתים יש מסלולים נוספים. בשנה הזו מעבירים שני אבחונים נוספים במסגרת הפרקטיקום שמחוץ לבר אילן, כלומר לשני מטופלים במחלקה במסגרת בית החולים. בשלב זה מדובר על אבחונים מלאים שבסופם נכתב דו"ח. גם בשנה זו נדרשים הסטודנטים לכתוב סיכומי טיפול על כל המטופלים, לרוב בסביבות ארבעה מטופלים.
האוריינטציה של המגמה היא אינטגרטיבית, וכוללת קורסים בגישה דינמית, משפחתית, CBT ואינטגרטיבית. בשנה א' היסודות מוקדשים ללימוד דינאמי מעמיק. ניתן דגש משמעותי על אבחון פסיכודיאגנוסטי וכן נלמדים קורסים בתורת הריאיון הקליני, פסיכופתולוגיה ותיאוריות פסיכודינמיות. נוסף על כך, ישנם קורסי בחירה נוספים המאפשרים למידה תיאורטית של הוגים פסיכואנליטים. נוסף על הדגש הדינמי, ישנו פרקטיקום קוגניטיבי התנהגותי/סכמה תרפיה במהלך השנה השנייה ללימודים. קורסי הבחירה מחולקים לשלושה אשכולות: פסיכותרפיה, סטטיסטיקה ופסיכופתולוגיה. יש לקחת קורסים מכל אחד מהתחומים.
הייחוד העיקרי של המגמה הוא הקליניקה של בר אילן, סביבה מאוד מוגנת לתחילת ההתנסות כמטפל/ת.
מחזור 2020-2019 (תש"ף) - 14 סטודנטים
מחזור 2019-2018 (תשע"ט)- 14 סטודנטים
מחזור 2017 - 2018 (תשע"ח) - 14 סטודנטים
מחזור 2016 - 2017 (תשע"ז) - 14 סטודנטים
מחזור 2015 - 2016 (תשע"ו) - 13 סטודנטים
מחזור 2012 - 2013 (תשע"ד) - 14 סטודנטים
מחזור 2010 - 2011 (תשע"א) - 14 סטודנטים
מחזור 2009 - 2010 (תש"ע) - 14 סטודנטים
מחזור 2007 - 2008 (תשס"ח) - 15 סטודנטים (מתוכם 3 בנים בלבד...)
ציון מתא"ם - 115 (סטודנטים אשר ניגשו למבחן המתא"ם יותר מפעם אחת, באחריותם להודיע למזכירות המחלקה מהו הציון הרלוונטי להתייחסות. במידה והמועמד לא מודיע, ברירת המחדל היא המתא"ם האחרון)
ציון התואר הראשון בפסיכולוגיה - 90
ציון בחוג השני - 80
*במסגרת תכנית קבלה נפרדת למגזר החרדי, החל בשנת תשע"ד מציעה המגמה עד שני מקומות לסטודנטים חרדים (ניתן להגיש עם כל ציון מתא"ם, אך אם ציון המתא"ם נמוך מהנדרש, יש להגיש בקשה דרך ועדת חריגים). תכניות דומות מתקיימות במגמות קלינית שיקומית וקלינית ילד.
בשנת תשע"ב הוחלט להעלות רשמית את סף ההגשה לציון מתא"ם 110, אך נראה כי יש כוונה לאפשר לסטודנטים עם ציון קרוב לכך לפנות פנייה מיוחדת ולהגיש בכל זאת בקשה.
החל משנת תשע"ב, נכלל ברשימת הטפסים אותם על המועמדים להגיש גם טופס ניסיון מחקרי, שחלקו האחרון הינו אופציונאלי, ובו על המועמד לפרט הצהרת כוונות מחקרית בה מתואר רעיון אפשרי שלו לעבודת גמר (באנגלית, עד 500 מילים).
בשנת הלימודים תשפ"ב: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 106.
בשנת הלימודים תשפ"א: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 104, ממוצע ציוני מתא"ם - 122, ממוצע תואר ראשון - 93.
בשנת הלימודים תש"ף: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 117, ממוצע ציוני מתא"ם - 126, ממוצע תואר ראשון - 92.
בשנת הלימודים תשע"ט: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 114
בשנת הלימודים תשע"ח: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 110, חתך ציוני התואר הראשון - 91
בשנת הלימודים תשע"ו: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 111, ממוצע ציוני מתא"ם - 129, ממוצע תואר ראשון - 93.
הליך הקבלה כולל מיון ראשוני על סמך קורות החיים, ציוני התואר וציון המתא"ם. יש צורך בדירוג מנחים מראש - זה חלק משמעותי מתהליך הקבלה והכניסה למגמה. בהמשך תהליך הקבלה חלק מהמועמדים מזומנים לדינמיקה קבוצתית. מי שעובר את השלב של הדינמיקה מזומן לראיון אישי ולאחר מכן לראיון מחקרי (רבים מזומנים גם לשני ריאיונות מחקריים, עם מנחים שונים בהתאם לדירוגים. כמעט כל הסטודנטים שמתקבלים, מגיעים באופן ישיר למעבדה שאותה דירגו ולמנחה שראיין אותם בשלב השני). בסוף סבב הראיונות האישיים כל סגל המגמה נפגש, דן ומחליט מי מתקבל, מי ברשימת ההמתנה ומי נדחה.
על פי פירסומים רשמיים של האוניברסיטה, נתוני הקבלה בפועל למגמות הקליניות היו ממוצע מתא"ם - 122.5 וממוצע ציוני תואר - 94.2. בניגוד למוסדות אחרים, ניתן משקל להבדל בין ציוני התואר הראשון בפסיכולוגיה מעבר לסף 90 (ע"פ נתוני היום הפתוח תש"ע). לרוב, מתקבלים מועמדים עם ציון מתא"ם 110 ומעלה (נתוני יום פתוח תשס"ט).
לגבי סטודנטים מאוניברסיטת בר-אילן - גיליון הציונים יצורף על ידי הועדה לתואר שני. למועמדים באוניברסיטאות אחרות, במידה ויש עדכוני ציונים באחריות הסטודנט לוודא העברת העדכון ע"י המחלקה.
במגמה תקן לסטונט חרדי, שעובר הליך מיון במסלול נפרד.