החל משנה"ל תשפ"ז - הרישום למגמה הקלינית ולמגמה השיקומית יתבצע בנפרד. במסגרת הלימודים במגמה הקלינית-שיקומית ניתן יהיה להתמקד בתחומי הכשרה הנוגעים לפסיכולוגיה שיקומית של המבוגר ופסיכולוגיה שיקומית של הילד. מיקוד זה יאפשר לתלמידים להתקבל להתמחות שיקומית לאחר הלימודים.
באופן מסורתי הפרקטיקום בשנה א' מתבצע בתוך הקליניקה בבר אילן, הפרקטיקום בשנה ב׳ הוא פרקטיקום משולב בין פנים לחוץ. כלומר, בנוסף לפרקטיקום חוץ ממשיכים גם בפרקטיקום פנימי בקליניקה של האוניברסיטה. הפרקטיקום בחוץ יהיה שיקומי ויתקיים בבתי חולים, במכוני שיקום ובמרפאות במרכז הארץ.
הלימודים במגמה הקלינית-שיקומית יהיו משותפים כך שמרבית הקורסים יילמדו במשותף עם המגמה הקלינית, למעט קורסי הבחירה המומלצים והפרקטיקום.
המסלול מושתת על מודל הכשרה המכוון לאינטגרציה בין הפן הקליני-יישומי לפן המחקרי.בשנה הראשונה, הלימודים מתפרסים על פני ארבעה-חמישה ימים בשבוע, המשלבים לימודים תיאורטיים, התנסויות קליניות ועבודה על התזה.
הלימודים כוללים קורסים עיוניים בנושאים שונים של פסיכותרפיה, פסיכודיאגנוסטיקה, נוירופסיכולוגיה ופסיכופתולוגיה.
הפרקטיקום השיקומי יתקיים במרפאות חוץ או במרכזי בריאות, וניתן יהיה להתמקד במבוגרים או בילדים. הסטודנטים יפגשו אוכלוסיות מגוונות, כמו טראומה, נכויות, מחלות כרוניות, פגיעות נוירולוגיות ושיקום פסיכיאטרי.
המגמה מתאפיינת בשיתופי פעולה עם המגמות האחרות במחלקה, כך שלסטודנטים תתאפשר בחירה מגוונת של מנחים, והכשרה רב תחומית ומגוונת.
התוכנית נלמדת במשך שנתיים וכוללת כ-66 נ״ז, המתפרסות על פני לימודים אינטנסיביים של 4–5 ימים בשבוע. מתכונת הלימודים משלבת קורסים תיאורטיים, עבודת תזה והתנסות קלינית במגוון מסגרות.
מחזור 2020-2019 (תש"ף) - 11 סטודנטים
מחזור 2017 -2018 (תשע"ח) - 12 סטודנטים
מחזור 2016 - 2017 (תשע"ז) - 12 סטודנטים
מחזור 2015 - 2016 (תשע"ו) - 10 סטודנטים
בכל שנה מתקבלים כ-10-12 סטודנטים
ציון מתא"ם - 115
ציון התואר הראשון בפסיכולוגיה - 90
ציון BA בחוג השני - 80
ניתן להגיש מועמדות בוועדת חריגים. לצורך כך יש להתקשר למזכירות המחלקה לפסיכולוגיה, למסור את ממוצע התואר וציון המתא"ם, לאחר מכן, בכפוף לאישור המזכירות, יש לשלוח מייל לראש המגמה אשר מחליט האם לאשר את הבקשה.
בכל שנה הסטודנט בעל ציון המתא"ם הגבוה ביותר מקבל מלגת ישיר לדוקטורט.
בשנת הלימודים תשפ"ב: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 106.
בשנת הלימודים תשפ"א: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 104, ממוצע ציוני מתא"ם - 122, ממוצע תואר ראשון - 93.
שנת תש"ף: החתך נמוך בפועל מ-110 וישנה התייחסות לועדות חריגים.
שנת תשע"ו: חתך מתא"ם - 106, חתך ממוצע תואר - 90
*במסגרת תכנית קבלה נפרדת למגזר החרדי, החל בשנת תשע"ד מציעה המגמה עד שני מקומות לסטודנטים חרדים (ניתן להגיש עם כל ציון מתא"ם, אך אם ציון המתא"ם נמוך מהנדרש, יש להגיש בקשה דרך ועדת חריגים). תכניות דומות מתקיימות במגמות קלינית מבוגרוקלינית ילד.
תהליך הקבלה כולל את משלוח המסמכים הרלוונטיים וראיון אישי אחד, המתקיים לרוב עם שני מראיינים מהמגמה. הראיונות הינם לרוב באוריינטציה דינמית.
על פי פירסומים רשמיים של האוניברסיטה, לשנת תשס"ט ותש"ע, נתוני הקבלה בפועל למגמות הקליניות היו ממוצע מתא"ם - 122.5 וממוצע ציוני תואר - 94.2. בניגוד למוסדות אחרים, ניתן משקל להבדל בין ציוני התואר הראשון בפסיכולוגיה מעבר לסף 90 (ע"פ נתוני ימים פתוחים מהשנים האחרונות). לא קיימת פרוצדורה רשמית של ועדת חריגים, אולם מומלץ לברר במזכירות את האפשרות להגיש בקשה כחריג בהתאם לשאר נתוני הסטודנט.
במגמה תקן לסטונט חרדי, שעובר הליך מיון במסלול נפרד.
